Adobe Flash CS3にてQuickTimeへの書き出しを行うため、ファイル>書き出しでムービーの書き出しを行ったところ、書き出しの途中で止まるという不具合(?)がみられた。
解決策
最終フレームの1つ前に「stop();」のスクリプトが入っており
このために書き出しが途中で止まってしまったようです。
http://forums.adobe.com/thread/655107
私も全てのフラッシュでstop();を行っていたため、まったく同じ症状となっていた。
記述をとったらさくさく書き出ししてくれました。