concrete5のテーマは、基本的にはページテンプレートと対応するPHPのテンプレートファイルの集合ですので、CSSやJavascriptを使用するのに、何か特殊なことをする必要はありません。単に、CSSやJavascriptをこのように読み込ませるだけで問題ありません。
参考：JavascriptとCSSファイルをテンプレートファイルにインクルードする
カスタムテンプレート内に置くjsファイルやcssファイルは自動的に読み込んでくれるので、基本的には下記のような操作は必要ないんだけど、
今作ってるカレンダーがjsファイルの読み込み順が原因で表示されないという症状に遭遇したのでこちらもあわせて記述しておきます。
JavascriptとCSSファイルをテンプレートファイルにインクルードする
CSSやJavascriptは、特定のページでしか読み込ませたくない、とか、javascriptの読み込み順を指定したい、なんて場合は
application内にcssとjsのフォルダを作成してファイルを入れて、ファイルから読み込ませてあげる方がいいかも。
application内にcssとjsのフォルダを作成してファイルを入れる
$html = Core::make('helper/html');
//ブロックの入る場所に読み込ませる場合
print $html->css('sample.css'); //CSS
print $html->javascript('sample.js'); //JS
//CSSファイルをヘッダーに入れたい場合
print $this->addHeaderItem($html->css('sample.css'));
//javascriptファイルをフッターに入れたい場合
print $this->addFooterItem($html->javascript('sample.js'));
ヘルパーを最初に読み込んであげるのがポイント
