インストールした時も思ったけど、
例えば初期段階の概要ページで
http://example.com/index.php/about/とかってサイトのURLの途中にindex.phpが入ってくるのダサくね?
消します。
プリティーURL
システム&設定>SEO & アクセス解析>プリティーURLを選択
プリティーURLを使用するにチェックを入れて保存。
保存すると.htaccess ファイル向けのコードが出来上がるのでコピーして保存。
で、
http://example.com/index.php/about/
http://example.com/about/に変更されました。
管理画面はプリティーURLを有効にしていてもindex.phpが入るようです。